1.      دریافت فرم مشخصات طرح­های درون سازمانی از وب سایت معاونت پژوهشی و فناوری دانشگاه به آدرس اینترنتی www.sbu.ac.ir و تکمیل فرم مربوطه طبق آیین­نامه طرح­های درون سازمانی و فرم هزینه­های پرسنلی توسط مجری و ارائه آن به معاونت پژوهشی دانشکده/پژوهشکده.
2.      ارسال طرحنامه به همراه فرم ارزیابی طرح پژوهشی درون سازمانی برای ارزیابی به داور با تخصص مربوطه با اعمال نظر معاون پژوهشی دانشکده/پژوهشکده.
3.      ارسال طرحنامه ارزیابی شده و تأیید شده توسط داور به شورای پژوهشی دانشکده/پژوهشکده، در غیر این صورت ارسال به مجری جهت اصلاح نواقص
4.      تصویب طرحنامه ارزیابی شده و تأیید شده توسط داور در شورای پژوهشی دانشکده/پژوهشکده و بایگانی طرحنامه در صورت عدم تصویب توسط شورا
5.      ارسال طرحنامه تصویب شده به همراه فرم­های ارزیابی طرح پژوهشی و ارزیابی گزارش نهایی ، فرم خلاصه وضعیت طرح، صورت جلسه شورای پژوهشی واحد و نامه معاون پژوهشی دانشکده/ پژوهشکده به مدیریت برنامه­ریزی، نظارت و پژوهش تحصیلات تکمیلی دانشگاه برای بررسی و اعلام نظر. 
6.       ارسال طرحنامه بررسی شده توسط کارشناس پژوهشی معاونت پژوهشی  و فناوری دانشگاه به کمیته تخصصی مربوطه
7.      ارسال نامه تصویب طرح به معاون پژوهشی دانشکده/پژوهشکده و رونوشت به مجری طرح به منظور امضاء فرم قرارداد طرح پژوهشی در غیر این صورت ارسال به معاون پژوهشی واحد و رونوشت به مجری جهت اصلاح نواقص.
    تذکر: طرح های هیأت رئیسه در این مرحله و پس از تصویب در کمیته تخصصی برای طرح در هیأت رئیسه توسط کارشناس پژوهشی معاونت پژوهشی و فناوری آماده می شود پس از تصویب در هیأت رئیسه طبق صورتجلسه موجود با مجری قرارداد بسته می شود. 
8.      ارسال قرارداد تکمیل شده از طریق کارشناس پژوهشی معاونت پژوهشی و فناوری دانشگاه به کارشناس پژوهشی واحد به منظور امضاء قرارداد توسط معاون پژوهشی دانشکده/پژوهشکده و مجری طرح
9.      ارسال قرارداد امضاء شده در چهار نسخه توسط کارشناس پژوهشی واحد به کارشناس پژوهشی معاونت پژوهشی و فناوری. 
10.  پاراف قرارداد امضاء شده توسط کارشناس پژوهشی معاونت پژوهشی و فناوری و مدیر برنامه­ریزی، نظارت و پژوهش تحصیلات تکمیلی به منظور امضاء معاون پژوهشی و فناوری دانشگاه
11.  تنظیم و ارسال نامه پیش­پرداخت طرح به امور مالی به همراه یک نسخه قرارداد امضاء شده
12.  ارسال یک نسخه قرارداد امضاء شده به مجری، دبیرخانه واحد و بایگانی در معاونت پژوهشی و فناوری. 
13.  وارد کردن اطلاعات طرح تصویب شده در سیستم گلستان توسط کارشناس پژوهشی معاونت پژوهشی و فناوری. 
14.  درخواست خرید مواد و وسایل طرح با فرم درخواست علی الحساب توسط مجری برای خرید تجهیزات مصرفی و غیر مصرفی به دفتر مدیر برنامه­ریزی، نظارت و پژوهش تحصیلات تکمیلی.
   تذکر: طبق آیین نامه طرح­های درون سازمانی تجهیزات از طرح­ها حذف شده است ولی به بعضی از طرح ها تجهیزات تعلق می گیرد مثلاً هیأت علمی که دو سال از حکمش نمی گذرد
می تواند در اولین طرح خود درخواست علی
الحساب بکند و یا در اولین طرح موظف و یا طرح های دانشجویی. 
15.  تنظیم و ارسال نامه علی­الحساب، به همراه درخواست مجری به امور مالی
16.  تهیه گزارش نهایی طرح طبق راهنمای تدوین و نگارش گزارش پایانی توسط مجری و ارائه آن به معاون پژوهشی واحد.
   تذکر : لازم به ذکر است راهنمای تدوین و نگارش گزارش پایانی به پیوست ارائه گردیده و در صورت لزوم می توانید از وب سایت معاونت پژوهشی و فناوری دانشگاه دریافت نمایید. 
17.  ارسال گزارش نهایی به همراه فرم ارزیابی گزارش نهایی طرح پژوهشی درون سازمانی برای ارزیابی به داور با تخصص مربوطه با نظر معاون پژوهشی دانشکده/پژوهشکده
18.   ارسال گزارش نهایی ارزبابی شده و تأیید شده توسط داور به شورای پژوهشی دانشکده/پژوهشکده، در غیر این صورت ارسال به مجری جهت اصلاح نواقص. 
19.  تصویب گزارش نهایی ارزیابی شده و تأیید شده توسط داور، در شورای پژوهشی دانشکده/پژوهشکده.
20.    ارسال گزارش نهایی تصویب شده در شورای پژوهشی واحد به همراه فرم ارزیابی گزارش نهایی طرح، فرم  خلاصه وضعیت گزارش نهایی، مقاله چاپ شده یا گواهی چاپ مقاله و نامه معاون پژوهشی دانشکده/پژوهشکده به دفتر مدیر برنامه­ریزی، نظارت و پژوهش تحصیلات تکمیلی دانشگاه برای بررسی و اعلام نظر
21.   ارسال گزارش نهایی بررسی شده توسط کارشناس پژوهشی معاونت پژوهشی و فناوری دانشگاه به کمیته تخصصی مربوطه
22.  ارسال نامه تصویب گزارش نهایی طرح به معاون پژوهشی دانشکده/پژوهشکده و رونوشت به مجری طرح به منظور تسویه حساب نهایی، در غیر این صورت ارسال نامه اصلاح گزارش مذکور به معاون پژوهشی واحد و رونوشت به مجری جهت اصلاح نواقص.
 23. تکمیل فرم درخواست تسویه حساب نهایی، فرم درخواست حق التحقیق مجری و همکاران طرح، فرم عدم کسر مالیات برای دانشجویان دکتری و فرم گزارش اظهاری برای مواد مصرفی و غیرمصرفی موجود در سایت معاونت پژوهشی و فناوری دانشگاه به آدرس اینترنتی (www.sbu.ac.ir)،  توسط مجری و ارسال به دفتر مدیر برنامه­ریزی، نظارت و پژوهش تحصیلات تکمیلی.
 تذکر: تسویه حساب نهایی منوط به ارائه گزارش نهایی به همراه چاپ مقاله یا ارائه گواهی چاپ مقاله می باشد اگر مجری گزارش نهایی را بدون مقاله ارسال نماید با ایشان تسویه حساب موقت می شود 
تذکر : مجری علاوه بر ارائه مدارک بند 23، دو نسخه گزارش نهایی صحافی شده به همراه سه لوح فشرده نیز به دفتر مدیر برنامه­ریزی، نظارت و پژوهش تحصیلات تکمیلی ارسال می­کنند. کارشناس پژوهشی معاونت پژوهشی و فناوری یک نسخه از گزارش نهایی به همراه لوح فشرده به کتابخانه واحد و یک نسخه به کتابخانه مرکزی ارسال می کند و یک لوح فشرده در معاونت پژوهشی و فناوری بایگانی می شود.
24.  تنظیم نامه تسویه حساب نهایی بر اساس مدارک ارسالی مجری به امور مالی و رونوشت آن به مجری و معاون پژوهشی واحد توسط کارشناس پژوهشی معاونت پژوهشی و فناوری دانشگاه. 
25.  امضاء نامه تسویه حساب نهایی توسط معاون پژوهشی و فناوری دانشگاه و ارسال نامه به همراه ضمائم آن به امور مالی.